Doç. Dr. ELİFE ZERRİN BAĞCI NKUAVES

Kimlik Bilgileri

Doç. Dr. ELİFE ZERRİN BAĞCI

T: (0282) 250 2637

M ezbagci@nku.edu.tr

W ezbagci.cv.nku.edu.tr

Kurum Bilgileri
Birim:Fen - Edebiyat Fakültesi
Bölüm:Biyoloji
Ana Bilim Dalı:
Doktora
Üniversite: UNIVERSITY OF PITTSBURGH (ABD)
Fakülte / Enstitü / Yüksekokul:SCHOOL OF MEDICINE
Bölüm / Program / Anabilim Dalı:BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR GENETICS
Öğrenim Yılları: 2001-2007
Tez: Mathematical Modeling and Simulation of Apoptosis and Nitric Oxide Effects (2007)
Yüksek Lisans
Üniversite: BOĞAZİÇİ ÜNİVERSİTESİ
Fakülte / Enstitü / Yüksekokul:FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ
Bölüm / Program / Anabilim Dalı:KİMYA MÜHENDİSLİĞİ (YL) (TEZLİ)
Öğrenim Yılları: 1999-2001
Tez: Packing regularities in folded proteins (2001)
Lisans
Üniversite: BOĞAZİÇİ ÜNİVERSİTESİ
Fakülte / Enstitü / Yüksekokul:MÜHENDİSLİK FAKÜLTESİ
Bölüm / Program / Anabilim Dalı:KİMYA MÜHENDİSLİĞİ BÖLÜMÜ / KİMYA MÜHENDİSLİĞİ PR. (İNGİLİZCE)
Öğrenim Yılları: 1991-1997
Tez:
Yabancı Dil Bilgileri
İngilizce:Gelişmiş
Akademik Görevler
Doç. Dr. NAMIK KEMAL ÜNİVERSİTESİ
FEN-EDEBİYAT FAKÜLTESİ / BİYOLOJİ BÖLÜMÜ / HİDROBİYOLOJİ ANABİLİM DALI
2013-
Yrd. Doç. Dr. NAMIK KEMAL ÜNİVERSİTESİ
FEN-EDEBİYAT FAKÜLTESİ / BİYOLOJİ BÖLÜMÜ / HİDROBİYOLOJİ ANABİLİM DALI
2009-2012
Dr. BOĞAZİÇİ ÜNİVERSİTESİ
MÜHENDİSLİK FAKÜLTESİ / KİMYA MÜHENDİSLİĞİ
2008-2008
Arş. Gör. Dr. VİRGİNİA POLYTECHNİC INSTİTUTE AND STATE UNİVERSİTY (ABD)
COLLEGE OF SCİENCE / DEPARTMENT OF BİOLOGİCAL SCİENCES / COMPUTATİONAL BİOLOGY
2007-2007
Araş. Gör. UNİVERSİTY OF PİTTSBURGH (ABD)
TIP FAKÜLTESİ / BİYOKİMYA VE MOLEKÜLER GENETİK / HESAPLAMALI BİYOLOJİ
2003-2007
Araş. Gör. BOĞAZİÇİ ÜNİVERSİTESİ
POLİMER UYGULAMA VE ARAŞTIRMA MERKEZİ
1999-2001
İdari Görevler
Bölüm Başkan Yrd. NAMIK KEMAL ÜNİVERSİTESİ
FEN-EDEBİYAT FAKÜLTESİ / BİYOLOJİ BÖLÜMÜ
2012-
Erasmus Koordinatörü NAMIK KEMAL ÜNİVERSİTESİ
FEN-EDEBİYAT FAKÜLTESİ / BİYOLOJİ BÖLÜMÜ
2011-
Üniversite Dışı İş Deneyimi
Üniversiteler Arası Kurul Bilim Alanı Bilgileri
Fen Bilimleri ve Matematik Temel Alanı / Biyoloji
Biyo-enformatik (Bio-informatics)
Uluslararası hakemli dergilerde yayımlanan makaleler
1. Bagci E. Z., S. S. M., C. M. C., Analysis of a mathematical model of apoptosis: individual differences and malfunction in programmed cell death, Journal of Clinical Monitoring and Computing, vol. 27, pp. 465-479, 2013.
Özgün Makale SCI-Expanded Erişim Linki
2. Sen S. M., B. E. Z., C. M. C., Bistability Analysis of an Apoptosis Model in the Presence of Nitric Oxide, Bulletin of Mathematical Biology, vol. 73, pp. 1952-1968, 2011.
Özgün Makale SCI Erişim Linki
3. Zwolak J., A. N., B. E. Z., T. J. J., S. J. C., A quantitative model of the effect of unreplicated DNA on cell cycle progression in frog egg extracts, Journal of Theoretical Biology, vol. 260, pp. 110-120, 2009.
Özgün Makale SCI Erişim Linki
4. Bagci E. Z., V. Y., B. T. R., E. B., B. I., M. K., Computational Insights on the Competing Effects of Nitric Oxide in Regulating Apoptosis, PLoS ONE, vol. 3, pp. 2249, 2008.
Özgün Makale SCI Erişim Linki
5. Bagci E., V. Y., B. T., E. G., B. I., Bistability in Apoptosis: Roles of Bax, Bcl-2, and Mitochondrial Permeability Transition Pores, Biophysical Journal, vol. 90, pp. 1546-1559, 2006.
Özgün Makale SCI Erişim Linki
6. Vodovotz Y., K. P., B. E., E. G., C. C., B. I., B. T., Inflammatory Modulation of Hepatocyte Apoptosis by Nitric Oxide: In Vivo, In Vitro, and In Silico Studies, Current Molecular Medicine, vol. 4, pp. 753-762, 2004.
Özgün Makale SCI Erişim Linki
7. Bagci Z., K. A., J. R. L., B. I., The origin and extent of coarse-grained regularities in protein internal packing, Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics, vol. 53, pp. 56-67, 2003.
Özgün Makale SCI Erişim Linki
8. Bagci Z., J. R. L., B. I., Residue coordination in proteins conforms to the closest packing of spheres, Polymer, vol. 43, pp. 451-459, 2002.
Özgün Makale SSCI Erişim Linki
9. Bagci Z., J. R. L., B. I., Residue packing in proteins: Uniform distribution on a coarse-grained scale, The Journal of Chemical Physics, vol. 116, pp. 2269, 2002.
Özgün Makale SSCI Erişim Linki
Yazılan uluslararası kitaplar veya kitaptaki bölümler
1. LOUGHRAN P., BAĞCI E. Z., ZAMORA R., VODOVOTZ Y., BILLIAR T. R., Nitric Oxide (Second Edition) Biology and Pathobiology, Bölüm: Chapter 15 - The Role of Nitric Oxide in Apoptosis and Autophagy: Biochemical and Computational Studies, Yayın Yeri: ELSEVIER, Editör: Ignarro, L.J., 2010.
Bilimsel Kitap
Uluslararası bilimsel toplantılarda sunulan ve bildiri kitaplarında (proceedings) basılan bildiriler
1. BAĞCI E., S. Ç., Limitations of Using Mass Action Kinetics Method in Modeling Biochemical Systems: Illustration for a Second Order Reaction, International Conference on Computer Science and Its Applications 2011 (20.06.2011-23.06.2011).
Tam metin bildiri Erişim Linki
Uluslararası Projeler
1. National Institutes of Health, A.B.D. projesinde (no: 1P20-GM065805, Developmental Project 1: Modeling the effects of nitric oxide on apoptosis) görevli doktora öğrencisi, ARAŞTIRMA PROJESİ, 01.01.2003-01.01.2005.
Ulusal Projeler
1. TÜBİTAK 1002 Proje No: 111T562 "Yeni Bir Uzay Bağımlı Reaksiyon-Difüzyon Adım Süreleri Değişken Olan Stokastik Metot (UDM) Geliştirilmesi", TÜBİTAK PROJESİ, Yürütücü.
Üyelikler
The Society for Mathematical Biology, Üye, 2009-.